《砂时计》改编自漫画家芦原妃名子的同名人气少女漫画，讲述谁都经历过的淡淡的初恋回忆，故事在现在和过去的回忆景象中不断交错，描写杏和大悟从12岁到26岁的恋爱过程。相遇、恋爱、最初的吻、分别、再会……
原作漫画在日本很受欢迎，曾在2004年获得了第50届小学馆漫画大奖，全十卷的单行本销量达到了570万册。
由于双亲离异，14岁的杏跟着母亲美和子离开东京来到了岛根。习惯了大都市的杏起初很不适应乡间的生活。但她很快就喜欢上了刀子嘴豆腐心的外婆，还和住在附近的同龄人大悟、阿藤、以及阿藤的妹妹椎香成了好朋友。与快活的女儿相反，美和子没能走出离婚的阴影，她抛下杏，选择了自杀。伤心的杏拿起心爱的沙漏掷向母亲的遗像。这个沙漏是母女俩一起去沙之美术馆时买的，凝结着无数美好的回忆。大悟修好了被打坏的沙漏，他温柔地安慰杏：“我会一直和你在一起的。”
杏和大悟长大了，他们成了一对情侣。不料多年不曾见面的父亲正弘突然找到了杏，要带她回东京。杏把沙漏寄存在大悟那里，跟着父亲离开了岛根。
杏上了高中生，一直思念着远方的大悟。凑巧的是，阿藤也来到东京，还和杏成了同学。阿藤邀杏去原宿游玩，趁四下无人偷吻了杏。暑假里，杏回到岛根。大悟得知阿藤暗恋杏后，出手打了他。不久后，阿藤失踪。一直喜欢着大悟的椎香愤怒地指责杏脚踏两只船。纠缠不清的四角关系为原本明丽的青春投下了阴影，最终杏和大悟分了手。
十年后，杏和未婚夫佐仓一起回老家拜访外婆。在同学会上，杏又见到了大悟。得知杏已经订婚后，大悟把沙漏还给了她，并真诚地祝她幸福。
沙漏勾起了杏对往昔的回忆。她和佐仓解除了婚约，重返岛根……